Nach einem kurzen Zwischenspiel als praktischer Arzt in Breslau wirkte der Späthumanist als Professor der Anatomie und Chirurgie in Wittenberg, wo er Leichensektionen durchführte und sich für eine wissenschaftliche Chirurgie jenseits der Barbiere und Handwerkschirurgen einsetzte. Im Juni 1600 hielt sich Jessenius in Prag auf und führtean einem Kollegium der Carolinischen Universität eine Sektion durch. Im Oktober 1601 kam er wieder, gerade rechtzeitig, um in der Theinkirche seinem am 24. Oktober verstorbenen Freund Tycho de Brahe die Leichenrede zu halten.
Dann 1602, lockte ihn Kaiser Rudolf II. nach Prag, wo er als Arzt praktizieren sollte, am Königshof und beim Adel. Auch Sektionen führte er wiederholt durch. Anno 1609 wurde er als Hofarzt des Kaisers Matthias nach Wien berufen, konnte sich aber an der medizinischen Fakultät nicht halten und kehrte 1614 nolens volens zurück an die Moldau. 1617 wurde er Rektor an der Universität. In den Unruhen nach dem Prager Fenstersturz im Juni 1618 stand Jessenius in den Reihen der böhmischen Stände, und schließlich auch auf der Seite des zum König gewählten Kurfürsten Friedrich von der Pfalz. In dem Ränkespiel der Politik hatte Jessenius ganz auf der protestantischen, den erzkatholischen Habsburgern schroff feindlichen Seite Stellung bezogen.
Am 8. November kam es zur Schlacht am Weißen Berge vor Prag, die Kaiserlichen siegten – am 20. November 1620 wurde Jessenius abgeholt, eingekerkert, verhört und einige Monate später zusammen mit 26 weiteren böhmischen Standesherren, Tschechen und auch Deutschen, auf dem Altstädter Ring hingerichtet. Den Berichten nach wurde ihm die Zunge aus dem Mund gerissen, dann wurde er geköpft und in vier Stücke zerrissen. Die Prager haben diesen Frevel nie vergessen und halten Jessenius’ Andenken bis heute in hohen Ehren.
